本发明提供了一种低温冻存保存液，包括重量百分比的组份如下：3‑15%的可食用保存物质、85‑97%的生理盐水，所述可食用保存物质选自甘油、葡萄糖、蜂蜜、山梨糖醇、蔗糖、脱脂牛奶中的一种或多种。在菌群移植过程中，使用甘油来保存菌群，一方面可能会患者头晕、恶心及腹泻等症状；另一方面，去除菌液中的甘油时需要反复离心洗涤，这既使操作步骤变得繁琐又使得菌体因为曝氧及机械损伤等引起活菌比例下降。本发明采用可食用保存物质，降低了患者在菌群移植过程的不良反应，同时避免了去除菌液中甘油的繁琐过程，确保活菌比例。