本发明涉及介质隔离往复柱塞泵及具有其的液体输送系统。具体地，介质隔离往复柱塞泵包括：泵体和柱塞组件，柱塞组件具有柱塞和连接于柱塞的柱塞杆；泵体内限定有输送介质腔和设置于输送介质腔后端的冷却介质腔；输送介质腔具有输送介质进口和输送介质出口；冷却介质腔具有冷却介质进口和冷却介质出口；柱塞设置于输送介质腔内，柱塞杆安装于冷却介质腔；柱塞组件还包括与柱塞同轴设置的变形间隔件，变形间隔件的一端连接于柱塞，另一端连接于泵体，以在柱塞运动时间隔开待输送介质和冷却介质，且形成与冷却介质腔连通的活动腔；本发明提供的介质隔离往复柱塞泵避免了输送介质本身或所含杂质对柱塞杆和泵体造成磨损，具有冷却效果好的特点。