本发明涉及一种船舶磷酸铁锂电池系统，包括N个磷酸铁锂电池箱、电池管理系统和热失控防控系统，电池管理系统包括高压箱、主控制器和安装于电池箱内的N个信号采集单元，热失控防控系统包括防控控制器、安装于电池箱内的N个探测装置、2个灭火剂瓶、2个总电磁阀、电池箱外置的N个分电磁阀和消防管路；1#灭火剂瓶通过1#总电磁阀接消防管路，2#灭火剂瓶通过2#总电磁阀接消防管路，消防管路通过N个分电磁阀分别与N个磷酸铁锂电池箱连通；通过电池管理系统计算电池箱内电池热失控的阶段数，在电池热失控初期对其进行物理降温和灭火。直接将灭火剂输入至电池箱内和电池箱内配置探测装置可以有效提升电池箱内电池发生热失控中后期的灭火效果。