本发明提供了一种码头双集装箱吊装系统及其方法，该系统包含：码头操作模块，用于产生双箱吊装作业指令以及对作业指令的监控；设备控制层，连接码头操作模块；数据库模块，其分别与码头操作模块和设备控制层连接，数据库模块包含多种数据表，其用于码头操作模块和设备控制层之间的信息交互；连接设备控制层的设备底层，包含多个抓取集装箱的双箱吊具设备，其包含与吊具连接的轨道吊大车、轨道吊小车和起升机构。其优点是：该系统将码头操作模块、设备控制层、数据库模块等模块相结合，可方便快捷的进行集装箱的吊装作业，缓解了码头船舶、集装箱的拥堵压力，且本发明的双箱吊装作业，相比于单箱吊装，提高了吊装效率，缓解了集装箱拥堵的压力。