本发明提供了一种框架式生态沉箱码头结构，包括下部采用重力式潜沉箱框架结构，上部采用桩柱结构，桩柱位置与沉箱墙体交线位置相适应，沉箱和桩柱一起预制；沉箱内根据稳定性要求回填块石或者砂等填料；桩柱顶现浇混凝土大板以形成码头工作面。本发明有益效果：潜沉箱、桩柱、回填料及大板四基本单元同时达到稳定性、使用性、透空性及生态性的要求；既能适应岩石地基条件，满足码头基本使用功能，又保证港内外水体的流动和交换，减少码头结构对海洋水域环境的影响；桩柱透空式结构大大降低码头前沿波浪反射，提高船舶泊稳条件；通过沉箱内回填料人工设置底栖面积，有利于底栖生物的恢复及生长；结构简单，施工方便，易于推广。