本发明公开了一种核磁共振陀螺仪用泵浦激光与背景磁场对准方法及系统，属于惯性测量传感器技术领域，包括：S1、使泵浦光转化为圆偏振光之前的线偏振光通过法拉第旋光晶体，给背景磁场线圈施加正弦交变信号，使背景磁场线圈产生正弦交变磁场，将正弦交变磁场作用在泵浦光束上；S2、在正弦交变磁场的作用下，光束产生偏振面的周期性偏转，偏转角度与磁场在光束传输方向上的分量成正比；S3、线偏振激光偏振面的转动经过1/2波片后引起偏振分光棱镜输出分光比的变化，两束光差值经光电探测器产生周期性信号；S4、调整泵浦光入射前的导光反射镜来调整泵浦光和背景磁场的相对角度，当被检测交流信号幅值最大时，则泵浦光束与背景磁场对准。