本发明涉及探空设备技术领域，尤其是一种机载下投式探测仪吊舱系统，包含吊舱外壳、主控板、探测仪接收机、投放机构，其中主控板、探测仪接收机、投放机构均安装在吊舱外壳内部，所述投放机构的下端安装有一下投式探测仪，该投放机构中以舵机作为动力输出装置控制下投式探测仪的投放；所述主控板和投放机构中舵机的控制端，探测仪接收机的信号输出端以及飞行平台的飞控链路分别连接，分别用于控制舵机的动作，采集探测接收机输出的信号，执行飞行平台输出的指令传输、数据回传和设备供电。本发明能够通过飞行平台的飞控链路实现远程对下投式探测仪吊舱中下投式探测仪投放机构的控制、通信频率调整、下投式探测仪实测数据采集编码和向飞机平台的转发。