本发明公开了一种船舶废水处理系统机器处理方法，属于废水处理技术领域。该船舶废水处理系统，可以彻底有效的对船舶行驶过程中产生的含硫废水进行净化处理，有效去除废水中所含的有害物质，使得废水达到排放标准后再进行排放，能够避免对生态环境造成污染；而该船舶废水处理方法，在对废水处理净化完之后，能够对处理过程产生的副产物进行资源化处理，有效节约了资源；本发明解决了船舶在行驶过程中产生的含硫废水危害较大，直接排放会污染环境以及现在废水处理方法对废水处理的副产物没有充分利用，浪费资源的问题。