本发明涉及三维声弹性广义水动力系数的高效并行算法，包括如下步骤：基于有限元软件得到船舶干模态的振型位移矩阵；将频率总数和总进程数分别分至各个频率分组中；对各频率分组内的各个频率得到Green函数矩阵及其偏导数矩阵；针对单个频率构建湿面元源强矩阵方程，对该方程中Green函数偏导数矩阵和振型位移法向分量矩阵进行二维并行划分，计算得湿面元源强矩阵；计算广义水动力系数中干模态附连水质量和附连水阻尼。本发明针对船舶三维声弹性分析方法，将频率总数分至各频率分组中并行计算，并对Green函数偏导数矩阵和振型位移法向分量矩阵进行二维并行划分，有效解决了计算量大的瓶颈问题，大大提升了船舶三维声弹性分析方法的大规模工程计算适用性。