本发明提供了一种实现多船同步进出闸的船舶航行控制系统，包括多艘船舶、闸室定位模块以及岸基船舶监控系统，闸室定位模块包括4个定位基站，在闸室4角处安装所述4个定位基站；所述岸基船舶监控系统包括通讯服务器和岸基客户端，所述通讯服务器用于实现船舶与岸基客户端之间的数据中转，根据定位基站信息及船舶状态信息，获取船舶经纬度，并向船舶客户端及岸基客户端提供船位服务信息；岸基客户端用于显示船舶的实时状态及位置，实时获取每条船舶状态信息，根据通讯服务器提供的定位服务，在百度地图上显示船舶的位置，根据船舶位置信息获得船舶过闸状态，并实时显示；本发明能对航速进行控制，使得多船能同步进出船闸，提高航行的安全性。