本发明提供一种多船同步过闸自适应巡航编队控制系统，包括一艘领航船和多艘跟随船，每艘船上均设有控制系统，每一艘跟随船都有一艘目标船；测距测速单元获取当前船与前后船之间的距离和相对速度；主机转速采集单元获取当前船的左、右主机转速值，作为船舶速度控制反馈信息；定位定姿单元获取当前船在闸室内和引航道的精确位置、对地速度和船首向信息；领航船的数据处理单元按照船闸操控规范，以规定的速度航行，停靠在闸室指定位置；跟随船的数据处理单元采用模糊PID控制实现当前船与目标船的距离保持；控制单元根据数据处理单元的指令，控制当前船的航行。本发明通过在每艘过闸船舶上安装控制系统，从而使领航船和跟随船同步高效进出闸。