本发明涉及水性酚醛树脂防腐涂料技术领域，且公开了一种高稳定性的改性水性酚醛树脂防腐涂料及其制法，包括以下配方原料：酚醛树脂、壳聚糖‑L‑天门冬氨酸肽化物、分散剂、无机填料、硒化钼、氧化锌。该一种高稳定性的改性水性酚醛树脂防腐涂料及其制法，壳聚糖中含有大量亲水羟基基团，提高了酚醛树脂亲水性，使酚醛树脂与水基乳很好地相容，均匀地分散在水基乳液中，形成水性酚醛树脂材料，MoSe2具有良好防腐蚀性能，与ZnO形成的复合物具有电化学电解池阳极的性能，当酚醛树脂涂料应用的船舶船体上时，通过消耗MoSe2‑ZnO自身会产生保护电流，在电解质环境中构成保护电流回路，达到牺牲阳极而保护阴极的效果。