本申请公开了一种船舶泊位分配方法、系统及装置。该方法包括：以港口生产效率最大和船舶在港时间最短为目标函数，并以预设条件为约束条件，建立目标模型，其中，港口生产效率最大由每个泊位上最后一艘船舶的离港时间的总和最小表征，船舶在港时间最短由所有船舶在港时间之和最短表征；求解目标模型，得到船舶泊位分配方案的最优解，其中，船舶泊位分配方案的构成要素至少包括以下之一：船舶停靠的泊位、多个船舶在泊位上的作业顺序、装船方案、装船垛位、装船量、船舶作业时间和船舶进出港时间。通过本申请，解决了相关技术中在进行输出型煤炭码头泊位分配时，难以根据实际影响因素进行合理分配的问题。