本发明提供一种船舶海水脱硫系统，包含：若干台船舶发电机；海水供给系统；烟气洗涤塔，船舶发电机产生的尾气和海水供给系统抽取的海水进入烟气洗涤塔内发生脱硫反应并产生废液和废气；检测系统，用于采集所述尾气、废气、废液的状态信息；海水供给控制系统，信号连接所述船舶动力系统、海水供给系统、检测系统，根据检测系统发送的所述尾气、废气、废液的状态信息和工作中船舶发电机的功率，控制海水供给系统抽取海水的流量。本发明还提供一种船舶海水脱硫方法。通过本发明能保证船舶排放的废液、废气达到排放标准，并且通过精确计算尾气脱硫时所需的海水量，控制海水供给系统的功率，节约了大量能源。