本发明公开了一种用于船舶尾气脱硫废水的处理装置及其使用方法，属于船舶尾气脱硫废水处理领域。一种用于船舶尾气脱硫废水的处理装置及其使用方法，先将机构的进出口全部沉浸在水体中，之后通过启动泵向进水三通管内部灌水，将整体机构内部的空气排出，之后关闭启动泵，水流将会在虹吸作用下通过虹吸进水管进入微生物过滤管中，在虹吸作用下通过该管道，之后再进入排水仓中，在排水仓中设置有溢流堰，高于溢流堰的水体，将会平稳排出，微生物则沉淀到水体底部，之后通过微生物输送泵再次返回波动微生物固定机构中，进行脱硫操作。