本发明公开了基于船舶尾气监测数据的一种高精度船舶燃油硫含量计算方法。船舶尾气数据包括大气中和船舶尾气烟羽流中各自的C02和SO2浓度。其中大气中的C02和SO2浓度作为背景值，船舶尾气烟羽流中的C02和SO2浓度作为测量值，这两组数据组成一组时序数据。本发明通过对这一组时序数据每10个数求平均得到一组新的平均值时序数据，在这组新数据中，取SO2背景值最小值与其附近的CO2最小背景值，同时取SO2测量值中最大值与其附近的CO2最大测量值，最后把这些取值代入船舶燃油硫含量计算公式，把计算结果与标准阈值相比较，以此来估算船舶燃油硫含量是否超标。本发明对于船舶尾气数据的处理取值方法简单，船舶燃油硫含量计算结果准确性和可靠性高。