本发明公开了一种间接式轴承预紧力测量方法及系统，属于高精度仪器仪表测量领域，首先通过有限元仿真模拟轴系壳体不同预紧力下的变形情况；然后由设计的间接式轴承预紧力测量系统检测轴承装配过程中不同预紧力下壳体的变形情况；最后将由有限元仿真得到的变形情况与检测得到的变形情况进行匹配，根据匹配结果获得实际装配下，轴承壳体变形对应的预紧力大小，从而实现轴承装配过程中预紧力的监控。通过本发明可以较客观的定量检测出轴承预紧装配过程中由不同压缩量导致的预紧力大小的变化情况，从而提高轴系装配质量。