本发明提供无人船多目标优化方法，包括：S1、获取原始数据；S2：对原始数据进行分析处理，获得原始数据中的无人船管控数据；S3、将无人船管控数据输入航行情景解析模型中，输出各航行条件对船舶航行的影响值；航行情景解析模型为预先训练的长短期记忆网络LSTM模型；S4、依据各航行条件对船舶航行的影响值，输入到多目标优化模型中，获取至少一个优化方案，依据至少一个优化方案中的一个方案使无人船控制优化。代替人进行航行情景的认知，获取使各个智能设备间协同规划、协同管理、协同控制的无人船智能设备控制方案。还提供无人船智能综合管控系统，实现无人船各智能设备的综合管控、综合指挥以及各智能设备间相互协同工作。