本发明提供一种抛石整平船的清淤系统，包括设在抛石整平船二层甲板上的行走大车，在行走大车上设有行走小车；在主甲板上通过升降机构设有可升降的整平架装置；在整平架装置上设有整平架大车，在整平架大车上设有整平架小车，在整平架小车上设有料斗装置，在料斗装置上设有清淤装置，以上结构，清淤装置设在整平架小车上，整平架小车通过升降机构升降，整平架小车的横向移动通过行走大车驱动装置驱动行走大车实现；整平架小车的纵向移动通过整平架小车驱动装置驱动整平架小车实现，清淤时，通过升降机构将清淤装置的吸泥泵和吸嘴下降至碎石层的上方，该设置，清淤装置的运行精准，受水流等因素的影响小，清除淤泥的效果好。