本发明涉及一种基于船舶AIS大数据的通航水域水流信息的提取方法及系统，该方法包括对通航水域进行子水域划分；从历史船舶AIS数据中提取不同子水域的AIS轨迹数据；对所述AIS原始轨迹数据进行预处理；分析并处理AIS轨迹数据得到船舶运动特征数据；提取空间属性匹配的历史水流观测数据，并基于时间属性对船舶运动特征数据和水流数据进行匹配；设计BP神经网络，挖掘样本数据之间的潜在映射关系，实现从AIS数据到水域水流信息的提取。本发明能够从AIS数据提取船舶通航水域的水流信息，能够为船员操纵船舶提供导航信息，降低水路交通事故率。