本发明公开了一种船舶发动机尾气再热脱硫脱硝系统及脱硫脱硝方法，脱硫脱硝系统，包括：第一换热器，包括冷介质通道和热介质通道，所述热介质通道的进口与尾气源连接；脱硫塔，其进口与所述热介质通道的出口连通，其顶部尾气出口与所述冷介质通道连通；其上端设置有喷淋层，喷淋层通过管道与水源连接；SCR反应器，其进口与所述冷介质通道的出口通过管道连通，该管道上设置有喷嘴，喷嘴与尿素源连接。船舶发动机排出的高温尾气直接进入第一换热器，对经过海水喷淋脱硫的低温尾气进行加热，使脱硫后的低温尾气升温，再进行SCR脱硝时，可以使尿素充分分解，有效提高了尿素的利用率，并防止了尿素在SCR系统中结晶，避免对后处理器造成堵塞。