本发明涉及船舶海水淡化技术领域，公开了一种船用反渗透海水淡化系统，包括一级高压泵、一级反渗透膜、二级高压泵、二级反渗透膜、三级高压泵和三级反渗透膜，一级高压泵的进水口与海水入口相连，一级反渗透膜的产水出口与二级高压泵的进水口相连，二级反渗透膜的产水出口与三级高压泵的进水口相连；二级反渗透膜的产水出口与饮用水口相连，二级反渗透膜和三级反渗透膜的浓水出口与生活水口相连，三级反渗透膜的产水出口与高纯水口相连。发明实施例提供的船用反渗透海水淡化系统，通过对多级反渗透膜的综合有效利用，在满足水质标准的前提下能够提供饮用水、生活用水和高纯水，满足各用户的用水需求，总体能耗低、效率高，具有较好的经济性。