本发明提供了一种环保型水性防污涂料及其制备方法和应用。以重量份计，该环保型水性防污涂料包括：20～40份的水性丙烯酸树脂、15～30份的复合有机防污剂、12～23份的颜料、2～4份的水性防沉剂、0.2～0.5份的分散剂、2～10份的缓释剂和15～30份的水。该环保型水性防污涂料中不含氧化亚铜、D.D.T、有机锡等国际禁用毒料，达到国家环保要求；能够适用于船舶的船底作为防污漆使用，针对船底的木质、铁质基体表面部位能在1～2年内有效防止海生物对船底的污损，从而延长船舶船底的寿命，提高航速，减少油耗，降低维修成本。