本发明涉及一种船舶直流综合电力推进系统及系统的保护设计方法，解决现有保护方法无法实现直流综合电力系统选择性保护的问题。通过对直流侧母线各变频模块的保护都以熔断器为保护器件，对发电机及其输出侧电缆的保护通过自主研制的发电机保护装置检测相间电流或者相间电压不平衡来实现，对直流母线本身的短路故障，本发明提出了基于熔断器带隔离开关和固态断路器两种保护方案，对推进电机及负载侧设备的保护可以通过逆变单元实现，对接地故障采用绝缘检测配合综合控制系统等方式来实现直流系统保护设计方案，在准确、快速切除短路故障的同时，非故障侧母线可连续供电，实现了系统保护选择性方案，保证了船舶电力系统供电的可靠性和安全性。