本发明涉及一种深海用磁式旋转编码器，包括固接有水密插头且内部带腔室的壳体，于腔室内设置用于与水密插头电连接的电路板，液压补偿器壳体通过紧固件将隔膜紧压在壳体一侧，于液压补偿器壳体与隔膜之间设置活塞，活塞背对橡胶隔膜的一侧与液压补偿器壳体之间还设置弹性组件；动密封基座通过紧固件将静密封圈紧压在壳体另一侧，防尘圈盖通过紧固件将动密封基座端部封闭，在动密封基座内通过轴承与过渡轴过盈配合，所述过渡轴的一端与输出轴的一端配合，所述输出轴的另一端伸出防尘圈盖。本发明通过设计由活塞、隔膜、弹簧等结构组成的液压补偿机构，能实现在深海中测量位移及位置，解决了旋转编码器在深海中的应用问题。