本发明涉及船舶技术领域，其公开了一种用于中小型船舶的主机SCR机舱内布置结构，包括机舱和设置在机舱内的柴油发动机和连接柴油发动机排气管的选择性还原催化器，选择性还原催化器的两端分别连接有催化器进气管和催化器排气管，且催化器进气管、催化器排气管与选择性还原催化器连接后成整体U型结构，在机舱内位于机舱的底部甲板和顶部甲板之间分别设置若干层的设备安装平台，选择性还原催化器安装在机舱内的最下面一层设备安装平台上，柴油发动机安装在机舱底部甲板上，且柴油发动机的上部外露于机舱内的最下面一层设备安装平台上。本发明实现了选择性还原催化器在机舱内的紧凑安装，同时降低了安装成本，并方便了SCR系统的操作维护。