本发明公开了一种船舶废气脱硫系统，包括洗涤塔、海水循环系统、碱液循环系统，所述洗涤塔内自下而上依次设置有进气口、冷却层、第一通气阻液器、第一脱硫层、第二通气阻液器、第二脱硫层、除雾层和出气口，船舶发动机排放的烟气通过排烟管道与所述进气口连接，所述海水循环系统、所述碱液循环系统均分别与第一脱硫层、第二脱硫层相连接，所述冷却层与独立的海水供水管路连接。本发明将冷凝塔的功能转移至洗涤塔内部，形成冷却层，节省了设备的占用空间；海水循环系统和碱液循环系统分别与第一脱硫层和第二脱硫层连接，可根据船舶行驶区域的排放要求选择多种洗涤组合方式，尽量减少碱物质的携带量和降低船舶的能耗。