本发明涉及化工材料技术领域，特别涉及一种可厚涂水下固化长效防腐涂料及其制备方法，可厚涂水下固化长效防腐涂料包括甲组分和乙组分；其中，甲组分包括：环氧树脂，缩水甘油醚，全氟取代硅烷，羧酸酰胺液，环氧基硅烷偶联剂，石油磺酸钡，纳米气相二氧化硅，助剂，填料；乙组分包括：固化剂，氨基硅烷偶联剂，羧酸酰胺液，纳米气相二氧化硅，消泡剂。本发明提供的可厚涂水下固化长效防腐涂料为无溶剂环氧涂料，具有优异的疏水排水和水置换性，可在水下固化施工，也可在带湿带锈表面施工，具有优异的触变性，带湿带锈以及水下固化可厚涂，一道涂装厚度高达800um，附着力高，防腐性能优异，可在水下进行长效防腐，方便水下钢结构设施的维修工作。