本发明公开了一种船舶废水处理系统，其包括沉淀预处理装置、海水进水管和通过第一管路依次相连的废液缓存罐、第一水泵、电氧化处理装置，废液缓存罐具有第一进污口和进药口，沉淀预处理装置包括挤压脱水机构和泥污槽，挤压脱水机构与废液缓存罐相连，海水进水管与第一管路连通且位于第一水泵和电氧化处理装置之间，电氧化处理装置包括电解槽，电解槽用于将海水进行电解以得到电解产物并通过电解产物对通过第一水泵抽至电解槽的废水进行处理。在本发明中，化学废水从废液缓存罐经沉淀处理后，经过挤压脱水机构挤压脱水输送至泥污槽中，再经过电氧化处理装置的电氧化处理后，可以使得经过处理后的化学废水满足排放标准。