本发明实施例公开了一种基于多源数据融合的船舶轨迹实时显示方法及系统，所述方法包括以下步骤：基于目标船舶的船舶号，分别从多个后台服务器获取目标船舶的行驶轨迹数据；将所述目标船舶的行驶轨迹数据进行去重处理，得到目标船舶的有效行驶轨迹数据，其中，所述有效行驶轨迹数据按照时间先后顺序进行排序；根据所述有效行驶轨迹数据，在地图上绘制并显示所述目标船舶的行驶轨迹。本发明实施例具有如下优点：实现了准确实时的对船舶行驶轨迹点位进行甄别以及显示的有益效果。