本发明提供一种重金属污染土壤的微生物修复方法，具体包括：步骤一：分离球形红细菌；步骤二：球形红细菌的培养；步骤三：球形红细菌修复重金属污染土壤。本发明提供一种重金属污染土壤的微生物修复方法可以有效改善重金属在土壤中的存在形态，并大大降低了重金属在植物积累量。本发明提出的重金属污染土壤的微生物修复方法属于原位修复，操作简单、成本低廉、修复效果好，并且不破坏土壤肥力、对环境不存在二次污染。