本发明涉及船舶智能控制系统技术领域，尤其涉及一种基于RTK高精度定位的无人船控制系统，包括电源模块、GNSS天线、主控制模块、导航定位定向系统、无线数传模块、数传地面基站、工控机、网桥模块、遥控器接收机以及无人船地面站；所述导航定位定向系统通过数据传输单元DTU接受来自岸上基准站的数据，还要利用船上所述GNSS天线采集GPS观测数据，在所述导航定位定向系统内组成差分观测值进行实时处理，给出厘米级定位结果。本发明可利用无人船地面站进行切换遥控模式，防止无人船自主系统故障或失电时，通过遥控模式进行控制，提高无人船航行可靠性。