本发明提出一种船用发动机排气后处理系统，包括发动机排气管、催化器、排气旁通管路、排水装置和电控单元，发动机排气管的排气口与催化器和排气旁通管路的进气口连通，排水装置布置在催化器和排气旁通管路的后方，位于排气尾管底部；催化器包括旁通阀、柴油氧化性催化器DOC和选择性催化系统；排气旁通管路包括旁通阀、脉冲阻尼器、三通或四通和背压调节阀；排水装置包括储水槽、水位传感器、压力传感器和脉冲电磁阀。本发明采用在所述催化器两端并联排气旁通管路的方法，解决船舶在非排放控制区运营成本较高的问题，同时提高船舶动力设备的动力性和经济性；采用在排气尾管底部安装自动排水装置的方法，避免了排气尾管底部积水对排气尾管造成的腐蚀和冷凝污水回头到载体造成的转化效率降低，提高后处理系统的可靠性和转化效率。