本发明公开了一种基于红外识别船舶尾气监测系统，包括红外热像仪、可见光相机、AIS船舶自动识别系统、测距终端和控制系统，控制系统分别与红外热像仪、可见光相机、AIS船舶自动识别系统和测距终端连接；控制系统通过红外热像仪采集船舶尾气目标的特性图像，并控制AIS船舶自动识别系统和测距终端对相应船舶目标进行监测和追踪，控制系统通过可见光相机采集直观图像，结合识别的船舶目标为用户提供是否识别跟踪正确直观效果图。实现对于船舶排放烟羽的自动监测跟踪识别和报警；能很好的自动识别跟踪监测停泊、靠泊和航行中的船舶大气污染物排放；能持续对船舶尾气排放形成监测，提高监测的稳定性和精确性。