本发明涉及船舶航行领域，尤其涉及一种最短时气象航线的获取方法及其系统，该方法包括以下步骤：建立大圆航线，对大圆航线进行离散化处理得到多个初始航路点，对每个初始航路点进行处理得到多个对应的次航路点，单个水滴从起点出发依次经过与初始航路点相对应的多个次航路点到达终点，得到与水滴对应的航线，水滴以节点选择概率选择次航路点作为航线上的点，且水滴对运动过的路径上的泥沙量进行更新，路径上的泥沙量对下一个水滴在相应的次航路点的选择上形成正反馈，利用水滴算法反馈机制准确高效的搜索更佳次航路点序列，提升算法运行效率；所有水滴都从起点到达终点后得到多条航线，其中用时最小的水滴所走的航线就为最短时气象航线。