本发明提供一种具有飞轮储能系统的电池动力船舶及其使用方法，包括：为船舶航行提供动力的动力电池组、配电装置、能量管理系统、电力电子变换器、飞轮储能系统、推进系统及其它用电负载，配电装置包括主配电板和分配电板，动力电池组、推进系统、飞轮储能系统、分配电板通过不同类型的电力电子变换器连接到主配电板上，其它用电负载连接到分配电板上。本发明所述的具有飞轮储能系统的电池动力船舶及其使用方法，将飞轮储能技术应用于电池动力船舶，通过能量管理系统使飞轮储能系统与动力电池组协调工作，提高了电池动力船舶电力系统的动态响应速度与稳定性，能实现船舶制动时的能量回收，同时对动力电池组起到保护作用，延长其工作寿命。