本发明公开了一种深层搅拌船的锚泊定位系统及定位方法，深层搅拌船的锚泊定位系统包括：控制器；定位系统，其用于测量船舶位置和方向，所述定位系统包括一个陆地测量基站、以及两个船载移动站；锚，其设置有六个，所述锚通过缆索与船体连接，所述缆索设置有张力计；锚绞车，其用于放缆和收揽，所述锚绞车也设置有六个且与所述锚一一对应，所述锚绞车设置有刹车系统和编码器；控制手柄，其用于手动控制锚绞车放缆和收揽；所述定位系统、锚绞车、控制手柄都与所述控制器信号连接。利用该定位系统能够实现深层搅拌船位置和方向的精确控制；深层搅拌船的位置控制精度能够达到±0.lm以内，船舶方向控制精度达到±0.1°以内。