本发明涉及船舶废气洗涤废液与船舶生活污水的协同处理装置及协同处理方法。本发明以水泵将船舶柴油机废气脱硫洗涤废液与生活污水从异养反应区底部泵入，在异养反应区发生硫酸盐还原反应及以蛋白质为主的有机物的降解反应，反应后从顶端溢流到缓冲区，同时将船舶废气脱硝洗涤废液从缓冲区上端进水口泵入，与前一区域的出水混合后从缓冲区底部共同进入到自养反应区，再与自养区域中的活性污泥充分接触，发生自养脱硫反硝化与厌氧氨氧化的联合反应，后从上端出水口排出。本发明的方法使反应装置在高负荷条件下稳定运行，能够实现船舶废气洗涤废液中硫酸盐、亚硝酸盐与生活污水中有机物的高效同步去除。