本发明涉及一种多约束条件下的复杂系统资源优化调度方法，包括：将复杂系统保障资源的故障模型，注入到复杂系统的多主体要素多维关联网络中，形成多主体要素故障关联网络；根据所述多主体要素故障关联网络和复杂系统资源多尺度模型构建复杂系统资源优化多目标规划模型；接收复杂系统的任务需求，根据所述复杂系统资源优化多目标规划模型，得到最优的复杂系统资源调度解；该方法可以获得良好的优化效果，得到最优解决方案，并且大幅提高运算速度，提高调度效率。