本发明公开了一种船舶固定系统及船舶固定方法，所述船舶固定系统包括安装于船体甲板上的多个锚泊固定单元，所述锚泊固定单元相对于船体长度或宽度方向的中心线对称设置；所述锚泊固定单元包括大吨位锚锭和液压缸，所述液压缸的活塞杆通过锚链连接所述大吨位锚锭，所述液压缸的输出力大于所述大吨位锚锭和所述锚链的重力，所述液压缸的缸体固定安装在船体甲板上。该船舶固定系统可在涌浪和长周期波等施工水体剧烈波动环境下施工时，实现对船舶的稳定固定，避免船体剧烈摇晃、垂荡。