本发明公开一种海水箱法兰短管的安装方法，包括如下步骤：首先，提供船舶总段，包括内底板、与内底板垂直设置的横舱壁、高位海水箱、低位海水箱、高位法兰短管和低位法兰短管，高位海水箱位于内底板上方，低位海水箱位于内底板下方；然后，在高位海水箱上开设供高位法兰短管与高位海水箱连通的第一开孔，在内底板上开设供低位法兰短管穿过并与低位海水箱连通的第二开孔，调整高位法兰短管与低位法兰短管到预设的安装位置后焊接固定高位法兰短管与低位法兰短管，完成安装。本发明通过对法兰短管的高精度定位，在总段建造阶段完成海水箱法兰短管的安装，施工难度小且效率高，为缩短船坞周期提供有力保障，节省造船成本。