本发明公开了一种船用舷外冷却器清洗系统，包括若干冷却组，冷却组包括舷外冷却器和海水箱，海水箱内舷外冷却器的一侧设有喷水管，喷水管沿舷外冷却器的高度方向延伸，喷水管的壁面上设有若干组喷水孔，各冷却组的喷水管通过管道连接船上必备的水泵的出口总管上。此船用舷外冷却器清洗系统，各喷水管连接船上必备的水泵的出口总管，利用水泵提供的动力喷射高压水，对海水箱的内表面和舷外冷却器的外管壁进行冲刷和清洗，避免污物附着在舷外冷却器上，因此舷外冷却器选型时可以减少其污垢系数，减少其换热面积及整体尺寸重量，并且由于使用的是船上必备的水泵作为动力源，不需要另外采购污垢清洗系统，大大降低采购成本，此发明用于船舶领域。