本发明公开了一种科考海水取样系统及船舶，属于科考船技术领域。该科考海水取样系统，包括：取水系统，包括取水泵，所述取水泵的吸水口用于抽取大海中海水，所述取水泵的出水口连通至实验室；排水系统，包括泄放舱和排水泵，所述取水泵抽取的海水未进入所述实验室的部分排至所述泄放舱中，所述排水泵能将所述泄放舱中海水排放至大海中。本发明通过使得取水系统中的取水泵出口直接与实验室连通，且设置有能将多余海水排出的排水系统，从而使得科考海水取样系统可让取水泵持续工作，当需要对指定海域海水进行监测时，实验室可直接从取水泵的出水口获取，确保海水试样的纯净度。