本发明涉及一种同步码滑动匹配的多路光纤时钟同步方法，该方法由FPGA实现，发送端使用FPGA的高速接口通过多路光纤向多个接收端发送带有周期性标识码的光纤数据，光纤数据的标识码包含预定义的自定义码和同步码。接收端滑动串行数据接收窗口，使其匹配预先约定好的同步码。随着窗口的滑动，串行链路的恢复时钟相位也在随之滑动，在物理链路长度一致的前提下，完成同步码对齐后窗口停止滑动，各路接收光纤链路中恢复时钟的相位对齐误差能够达到1/LineRate。由于对齐误差远小于一个并行时钟周期，接收端可以很容易的使用同源时钟将恢复的数据和自定义码锁存起来。以自定义码为同步触发标识，此时所有接收端的处理节拍都是严格同步的。