本发明公开了一种基于波导耦合表面等离子共振的降低背景影响的检测方法。根据波导耦合表面等离子共振传感器响应的反射光强度曲线中，波导耦合表面等离子共振峰与波导耦合共振峰对于包括标签层和背景层在内的外界物质变化的灵敏度不相同的原理，选择波导耦合表面等离子共振峰和与其相邻的灵敏度较大的一个波导耦合共振峰，建立两个分别对应两个峰的位置偏移量与待测样品变化的方程。通过解该二元一次方程组，分别求得标签层和背景层的变化量，起到了降低背景层干扰的作用。本发明不需要添加参考通道，能够在简单的结构下对待测样品进行精确检测，减少了待测样品背景层的干扰，增加了检测系统的精度和可靠性，有利于实现高通量检测。