本发明涉及一种基于ZYNQ的算法动态更新设计方法，ZYNQ的PS部分采用ARM控制器单元，PL部分采用现场可编程门阵列，PS与PL通过AXI总线控制单元进行数据交互通信，PS部分接收PC机指令,步骤为：DMA控制器通过PCIE总线接收PC机输入数据，根据数据协议区分输入的数据是通信数据还是算法数据，若收到连续三个特定序列的指令后，判断输入数据为算法数据；算法数据通过FIFO缓冲器后经过AXI总线控制器送入到PS端，ARM控制器对输入的算法数据进行解析，并将有效的运算算法经AXI控制器下发到PL端；根据下发的运算算法，通过重配置控制单元对算法核进行更新。本方法实现了ZYNQ内算法核的动态加载。