本发明属于净水技术领域，公开了一种船舶末端净水系统，包括第一过滤器、第二过滤器、第三过滤器和杀菌器；第一过滤器的一端通过管路与入水口连通；第二过滤器的一端通过管路与第一过滤器的另一端连通；第三过滤器的一端通过管路与第二过滤器的另一端连通，第三过滤器的另一端与出水口连通；杀菌器位于第二过滤器和第三过滤器之间；入水口设有第一阀门；出水口设有第二阀门；杀菌器和第三过滤器之间设有取样口，取样口设有第三阀门。本发明能够在净水系统的末端加设净水环节，使得净水系统净化后的水能够达到饮用水专用标准，使之能够被直接饮用；并且，通过本发明，还能够通过取样口，对水样进行分析，检测直饮水是否达标。