本发明提供一种航空电子光纤通道网络多协议控制器及其控制方法，该控制器包括多个交换端口、多协议数据管理器和交换调度器，交换端口包括数据接收交换端口和数据输出交换端口。每个交换端口均由数据缓存区、信誉管理模块、视频信誉计数器和匿名订阅信誉计数器组成。所述的协议数据管理器由多协议类型判断模块和多协议数据处理模块组成。该控制器的控制方法能够针对不同协议类型数据分配不同的数据缓存队列，采用不同的流量控制方法同时保证音视频数据的高带宽要求与命令、控制数据的高实时性要求，克服在航空电子多协议网络环境下交换机将所有类型数据采用统一处理方式下不能满足不同类型数据不同要求的缺点。