磁悬浮轴承柔性转子的变偏置电流控制装置及控制方法，涉及磁悬浮的技术领域。本发明包括横向依次布置在基座上的轴向电涡流传感器、第一径向磁悬浮轴承组件、轴向磁悬浮轴承、高频电机、第二径向磁悬浮轴承组件以及被悬浮和被驱动的转子；径向电涡流传感器集成在径向磁悬浮轴承组件内，各径向电涡流传感器和轴向电涡流传感器分别与数字控制器的信号输入端连接，数字控制器的信号输出端与功率放大器的输入端连接，功率放大器的输出端与各磁悬浮轴承连接，变频电源与高频电机连接。本发明实现了结构简单，使用操作方便，系统稳定性高，并能够降低长时间运行过程中磁悬浮轴承的损耗的磁悬浮轴承柔性转子的变偏置电流控制装置及控制方法。