本发明公开了一种磁悬浮轴承转子系统的支承装置，包括机座、转子以及套在转子上的磁悬浮轴承，磁悬浮轴承设置在套筒内，在机座内还设置有磁流变液以及产生贯穿所述磁流变液的磁场的工作线圈，磁流变液密封在套筒、隔环和内壳之间，且用密封圈密封，工作线圈设置在隔环、右外外壳和左外外壳围成的壳体内，壳体内工作线圈绕在线圈骨架上，左外外壳固定在所述的机座上，内壳固定在所述的套筒上，在左外外壳上设置有外悬臂杆，在所述的内壳内设置有内悬臂杆，内悬臂杆和外悬臂杆的另一端分别连接在一连接盘上。用磁流变阻尼器来支承磁悬浮轴承转子系统，可通过控制磁流变阻尼器的刚度和阻尼来改善磁悬浮轴承系统对振动的抑制。